2011年12月，日本政府在系統總結和評估東日本大地震的經驗和教訓的基礎上，重新修訂了應急預案，以進一步增強其科學性、針對性和實用性。
　　注重應急預案的制度性設計
　　日本政府注重強化應急預案的制度性設計，構建了系統連貫、規范明晰、相互銜接的預案體系。日本政府把防災計劃（應急預案）分為三類：一是防災基本計劃，作為政府應急管理工作的重要基礎，防災基本計劃是全國應急管理領域的最高層計劃，依據《災害對策基本法》，由政府應急管理的最高機構中央防災會議制定；二是防災業務計劃，防災業務計劃是根據防災基本計劃，由指定的行政機構及指定的公共機構制定的計劃；三是地區防災計劃，地區防災計劃是根據防災基本計劃，由都道府縣及市町村的防災會議結合本地區的實際情況制定的防災計劃。
　　防災基本計劃是結合現有的應急管理體制、推進應急管理事業、實現妥善和迅速的災害恢復等方面工作而制定的計劃。1995年神戶大地震后，日本政府總結其教訓，在防災基本計劃中明確規定了中央政府、地方政府等組織的責任和義務，并針對不同種類的災害，在預防、響應、恢復和復興的各個階段，闡明了規范清晰、易于落實的災害對策。新修訂完成的防災基本計劃的框架主要包括：總則、震災對策篇、海嘯災害對策篇、風災和水災對策篇、火山災害對策篇、雪災對策篇、海上災害對策篇、航空事故對策篇、鐵路事故對策篇、道路事故對策篇、核事故對策篇、危險物等災害對策篇、大規模火災對策篇、森林火災對策篇、其他災害對策篇、防災業務計劃與地區防災計劃中的重要事項等部分。
　　中央防災會議在制定防災基本計劃的同時，每年要結合應急管理領域的相關科研成果、已發生的災害及改進應對效果的對策等情況，對防災基本計劃進行研討，并對其進行必要修改。中央防災會議根據相關規定，制定基本計劃或對其進行修改時，要迅速將該情況向首相報告，并且要在通知指定行政機關的負責人、都道府縣知事及指定公共機構的同時，必須將有關事項進行公布。此外，日本政府注意各預案間、預案和規劃之間的相互銜接。《災害對策基本法》規定，制定行政機關的首長在制定防災業務計劃并實施時，要考慮與其他指定行政機關的首長制定的防災業務計劃進行相互調整，同心協力地、有機地制定防災業務計劃，并努力實施。同時，《災害對策基本法》還規定，都道府縣地區防災計劃不得與地區防災業務規劃（類似應急規劃）有所抵觸，并促進兩者在實際工作中能夠有效銜接。
　　以風險分析和評估為前提
　　日本政府把風險分析與評估作為增強應急預案針對性和實用性的基本方法。1995年神戶大地震后，日本政府把風險分析與評估作為整個應急準備工作的前提。在剛剛修訂完成的防災基本計劃中，日本中央政府經過重新評估，將海嘯災害列為第二位的災害風險（僅次于地震災害）。實際上，早在東日本大地震發生之前，日本中央政府經過系統性評估認為，最可能發生的大地震包括東海地震、東南海地震、南海地震、日本海溝千島海溝周邊海溝型地震、首都直下型地震以及中部地區、近畿地區直下型地震。為此，2003年以來每年在首相官邸舉行所有內閣大臣參加的巨災應急預案測試演練，假定的場景是東海、東南海、南海三場地震同時發生，造成25000人死亡（其中海嘯死亡9100人），毀壞建筑55萬棟場景，從而為東日本大地震的應對工作打下了堅實基礎。當前，日本政府仍在加強對東日本大地震后南海、東南海地震的風險分析與評估，以加強應急準備。