甲醇主要作用于神經系統，具有明顯的麻醉作用，可引起腦水腫。對視神經和視網膜有特殊的選擇作用，易引起視神經萎縮，導致雙目失明。甲醇蒸氣對呼吸道粘膜有強烈刺激作用。甲醇的毒性與其代謝產物甲醛和甲酸的蓄積有關。